Наступила середина декабря, и глава клуба SOS, Судзумия Харухи, решает, что Рождество будет проведено в комнате клуба с уютной рождественской трапезой. Все члены клуба начинают готовиться к этому празднику, но неожиданно начинают происходить странные события, которые нарушают привычный ход вещей.

Кён замечает, что мир вокруг него начинает меняться. Его разговор с Танигути становится невнятным, а сам Танигути внезапно заболевает и не помнит вчерашних событий. В классе нет Харухи, а на её месте сидит Рёко Асакура, которая ведёт себя так, будто ничего не произошло. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Нагато, которая раньше была невероятно загадочной, теперь выглядит как обычная девушка, принадлежащая к литературному клубу.

Кён понимает, что всё вокруг изменилось. Бригада SOS, которая была такой важной частью его жизни, больше не существует. Харухи, которая всегда была в центре событий, исчезла, как будто её никогда и не было. Мир, который он знал, рассыпался, и теперь ему предстоит разобраться, что же произошло и как вернуть всё на свои места.