2201 год. После кровопролитных сражений с императором Зордаром и его Империей Кометы, экипаж звездолета "Ямато" возвращается на Землю. Корабль требует ремонта, а команда, во главе с Сусуму Кодаем, должна почтить память павших героев и подготовиться к новому набору экипажа. Однако адаптация новичков к жизни на борту легендарного звездолета оказывается непростой задачей. Тем временем, мирные дни быстро подходят к концу, и "Ямато" снова готовится к выходу в открытый космос.

Тем временем, на планете Гамилус, где когда-то правил Абердт Деслер, появляется новая угроза. Империя Тёмной Туманности, жаждущая ресурсов, начинает захватывать миры, включая Гамилус и Искандар. Их недра богаты ценными минералами, которые становятся ключом к могуществу империи. Деслер, бывший враг "Ямато", теперь вынужден объединиться с Кодаем и его командой, чтобы остановить наступление Тёмной Туманности. Союз двух сильных личностей, которые когда-то были заклятыми врагами, становится ключом к спасению Гамилуса.

Кодай и Деслер понимают, что их совместная борьба против новой угрозы потребует не только стратегического мастерства, но и преодоления личных разногласий. "Ямато", вооружённый новыми технологиями и восстановленный после тяжёлых сражений, снова отправляется в путь. Экипаж корабля, усиленный новичками, готов к новым испытаниям. Однако никто не знает, какие опасности и предательства их ждут в глубинах космоса. Война против Империи Тёмной Туманности становится не только битвой за ресурсы, но и испытанием человеческих душ.