Действие аниме разворачивается в 0096 году Вселенского века, когда мир еще не оправился от событий, описанных в «Мобильный воин Гандам: Ответный удар Чара». Спустя три года после этих драматических событий и за 27 лет до начала истории «Мобильного воина Гандам Эф-91», мир снова оказывается на грани новой катастрофы. Главный герой, молодой студент Академии Анахайм по имени Банаджер Линкс, становится ключевой фигурой в противостоянии между Земной Федерацией и таинственной террористической группировкой The Sleeved.

В центре конфликта оказывается «Ящик Лапласа» — артефакт, который, как считается, обладает невероятной силой, способной изменить судьбу человечества. Банаджер, не подозревая о грядущих событиях, становится свидетелем начала этой войны за обладание тайной. Его жизнь кардинально меняется, когда он встречает Одри Берн, девушку, чья судьба тесно связана с «Ящиком Лапласа». Вместе они оказываются в самом центре событий, которые могут перевернуть ход истории.

Сюжетная линия аниме строится вокруг борьбы за власть и влияние, где каждая сторона готова пойти на крайние меры ради достижения своих целей. Банаджер, несмотря на свою неопытность, становится неожиданным героем, чьи действия могут предотвратить катастрофу или, напротив, ускорить её. В этом мире, где технологии и политика переплетаются, каждый выбор имеет огромное значение. Аниме заставляет зрителя задуматься о судьбе человечества и о том, как даже самые маленькие действия могут изменить будущее.