Прошло два года с тех пор, как произошла последняя масштабная битва с враждебными фестумами. Жители острова Тацумия начали возвращаться к своей обычной, спокойной жизни. Однако для Кадзуки Макабэ, который ослеп после тех событий, мир уже никогда не будет прежним. Он всё чаще размышляет о словах Соси Минасиро, который перед своим исчезновением обещал вернуться и всё исправить. Но время идёт, а надежды на возвращение Соси становятся всё слабее.

Однажды ночью в бухте острова появляется загадочная подводная лодка, и на её борту оказывается юноша по имени Мисао Курусу. Он утверждает, что его послал сам Соси, и что он прибыл с важной миссией. Его появление всколыхнуло не только жителей острова, но и всю ситуацию с фестумами. Вражда между человечеством и этими загадочными существами вспыхивает с новой силой, заставляя Кадзуки и его друзей-пилотов фафниров снова встать на защиту своего дома.

Теперь Кадзуки и его товарищи оказываются перед самой важной битвой в их жизни. Эта схватка может решить не только их судьбу, но и судьбу всего человечества. С появлением Мисао становится ясно, что мир, который они знали, больше не существует. Новые тайны, старые враги и неизведанные угрозы заставляют героев вновь объединиться, чтобы противостоять неизбежному. Битва, которая определит будущее, начинается, и Кадзуки должен решить, на что он готов пойти ради своей веры и надежды на светлое завтра.