В эпоху Бакумацу, когда будущее Японии висело на волоске, Синсаку Такасуги, отважный наемник из Тёсю, вместе со своим верным товарищем Когоро Кацурой, отправляется на государственный корабль. Их цель — таинственный «хронометр», артефакт, способный управлять течением времени. Синсаку опасается, что правительство захочет использовать его в своих корыстных целях, и решает уничтожить этот предмет, чтобы предотвратить катастрофу. Однако, когда они находят хронометр, его внезапно крадут, и теперь им предстоит погнаться за вором до самой столицы Киото.

Прибыв в Киото, Синсаку и Когоро обнаруживают, что мир, который они знали, канул в Лету. Правительство было свергнуто, и теперь эти земли правятся божеством Сусаноо. Город изменился до неузнаваемости, а люди, которых они знали, кажутся чужими. Несмотря на эти перемены, миссия Синсаку и Когоро остается прежней: они должны найти способ «перезагрузить» время, чтобы спасти свой народ от темных сил, стремящихся поработить их.

В этом новом, загадочном мире, где древние боги смешались с реальностью, Синсаку и Когоро сталкиваются с невероятными испытаниями. Они должны не только противостоять новым врагам, но и разгадать тайны прошлого, чтобы найти ключ к спасению. Время неумолимо, и каждая секунда на счету. Смогут ли они изменить ход истории и вернуть мир в нужное русло, или же их попытки окажутся тщетными в этой борьбе за будущее?