Продолжение истории начинается с того момента, где остановился первый сезон. Эпоха Эдо, просуществовавшая 260 лет, подошла к концу, уступая место эпохе Мэйдзи. В это время численное превосходство и огнестрельное оружие становятся решающими факторами, оттесняя оставшихся в живых членов Синсэнгуми. Теперь их миссия — защищать и помогать клану Айдзу, который оказался в центре политических и военных интриг.

В этом хаосе и переменах эпох, герои Синсэнгуми сталкиваются с новыми испытаниями и врагами. Их навыки меча и ловкость тела становятся всё менее эффективными перед лицом современных технологий. Однако, несмотря на это, они продолжают сражаться, веря в свою миссию и в то, что их действия имеют значение. В этом мире, где старая Япония уходит в прошлое, а новая ещё не сформировалась, каждый шаг героев Синсэнгуми может стать последним.

Помимо внешних угроз, герои сталкиваются и с внутренними проблемами. Расэцу, который стал источником многих конфликтов, по-прежнему остаётся нерешённой загадкой. Его влияние продолжает оказывать воздействие на всех, кто с ним связан, создавая напряжение и неопределённость. В этом мире, где прошлое и будущее переплетаются, герои Синсэнгуми должны найти способ справиться с этими испытаниями, чтобы защитить не только себя, но и тех, кого они любят.