Прошло два года с момента окончания кровопролитного противостояния между EAF и Координаторами. Мир, казалось, наконец обрёл хрупкий баланс, но этот покой был лишь видимостью. Ни одна из сторон не была довольна текущим положением, и накал напряжённости продолжал расти, готовя почву для нового конфликта.

Чтобы спровоцировать войну, группа Координаторов разработала безжалостный план. Они направили колонию Юниус 7 прямо на Землю, рассчитывая, что её падение станет катастрофой, уничтожив большую часть населения планеты. Однако, чтобы предотвратить ещё большие жертвы, силами ZAFT колония была взорвана. Но этот шаг привёл к новой волне разрушений — осколки колонии обрушились на Землю, нанеся непоправимый ущерб. Так началась новая глава войны, которая грозила поглотить весь мир.

Главные герои, которые когда-то мечтали о мире, теперь вынуждены снова встать на пути конфликта. Они берутся за оружие, чтобы защитить то, что осталось от их дома, и спасти тех, кто им дорог. Но на этот раз враги стали хитрее, а лояльности перестали быть очевидными. В этом хаосе каждый должен сделать свой выбор, и от этого будет зависеть судьба всего человечества.